病原菌诊断正确而治疗失败的对策：一、由耐药性致病菌引起的疾病：从患病的水产动物中分离病原菌并进行药物敏感性实验，根据实验结果选用致病菌敏感的药物。二、致病菌的二重感染现象：最初致病菌对抗菌药物敏感的已经被消灭，但是，对所用的抗菌药有耐药性的菌株则得以繁殖，引起更为严重的感染或菌群失调。对于发生二重感染的水产动物，需要再次选择新的病原菌敏感药物，作紧急治疗处理。三、投药量、投药期限不足：为了获得理想的治疗效果，就必须根据药物的使用说明书中规定的用药量与给药方案使用药物。